为贯彻部党组治水新思路，规划计划司组织有关单位于2000年起动了《水利与国民经济协调发展研究》。经过中国水科院水资源所为主，水利、环境、生态、经济学、社会学等领域12家单位和230名研究人员组成的课题组3年半时间的研究工作，圆满完成了预定的研究任务，形成了《简要报告》、《总报告》（以下称《研究报告》）以及17个专题报告，并2005年2月通过了专家审查。该项目研究的主要内容和取得的主要成果如下：
        一、主要研究内容
        该项目以我国21世纪经济社会可持续发展提供水利支撑为前提，以国家经济社会发展、生态环境建设需求为依据，研究水利与国民经济协调的投资需求水平和对国民经济的保障程度。主要研究内容包括七个方面：一是水利投入占用产出分析，以及水利与国民经济发展的定量关系；二是建国以来水灾害损失的分析；三是水利投资规律及未来投资需求；四是水利基建投资的合理比重及其流域片分配；五是产业结构及水利措施边际成本分析；六是虚拟水在国际间和区域间的转移；七是节水防污型社会建设。
        二、取得的主要创新成果
        项目取得的创新性成果主要包括：
        一是研究了我国主要水问题的发展成因与造成损失的趋势及规律，创建了一整套用于定量估算主要水问题引起的国民经济损失的方法体系，并对全国和流域层面的水灾害损失进行了评估。
        二是定量评价了全国与流域层面上的各类水利建设措施的分项边际成本与效益。
        三是编制了国民经济40个部门和大水利12个部门的投入占用产出表，利用投入占用产出技术定量研究了我国水利与国民经济发展间的诸多关系。
        四是提出了统筹区域发展、经济社会发展、人与自然和谐发展的水利与国民经济协调发展整体核算模型，并定量研究了水利投资合理规模及其构成。
        五是基于水利与国民经济协调发展整体核算模型定量分析成果，分流域提出了水利与国民经济协调发展的多维调控准则与定量调控标准。
        六是提出了全国范围内区域间通过物流调入调出的虚拟水流量关系定量分析方法，定量估算了我国国内外虚拟水贸易量及其在国际间和区域间流量，并展望了我国虚拟水贸易格局。
        三、项目的初步结论和建议
        通过深入研究，得出了以下结论
        1、新时期水利的地位更加突显，水利与国民经济的协调发展已经成为国家和地区经济社会可持续发展的重要保障。
        2、2000年，全国水灾害总计5794亿元，占当年GDP的6.48％，其中洪水灾害、缺水、水污染、生态环境破坏造成的经济损失分别为860、1894、1746、1294亿元，分别占当年GDP的1％、2.1％、1.8％、1.45％。随着社会财富的激增，未来各类水灾害对国民经济造成的损失有逐步扩大的趋势。应加大投入和综合治理力度，使水灾害损失控制在GDP的3％以内。
        3、通过分析水利投入产出分析，单位水利基建投资形成的国民财富和GDP直接收益是3.108元（前向效应），而为水利建设提供原材料和劳务输入部门获得的收益是0.497元（后向效应），合计为3.605元。即每投入水利基建1元，即可产生3.6元的国民财富，对GDP的拉动为1.9元。水利的前向效应远大于后向效应，表明水利投资对国民经济贡献大，水利应作为国家投资的重点。前向效应的大小顺序是防洪、供水、水电、灌溉、水土保持。
        4、通过51个部门（其中水利部门12个）的投入产出分析，水利基建的最佳投资应占GDP的比重为0.79～0.84％，适宜范围为0.75～0.89％。考虑水资源保护和水污染防治等投资需要，2005～2020年之间，我国水利基建投资合理比例应控制在GDP的0.881～0.864％之间。到2010年，我国GDP总值与发达国家同期相同水平下，防洪、供水、防污和水保的投资比例分别为29％、35％、27％和9％，而2003年，水利基建投资约占GDP的0.7％，与最佳投资规模尚有一定差距，今后需继续加大水利投资。
        5、根据各流域水资源条件和社会经济发展状况，2010年水利基建投资在全国各流域片中的合理比例为长江、黄河、淮河、海河、松辽、珠江、东南诸河、西北诸河、西南诸河分别为20.04％、14.06％、15.35％、14.43％、11.71％、11.03％、6.16％、6.16％和1.06％。
        6、通过1999年水利投入占用产出和水利基建投资对就业的总效应和净效应分析表明，水利建设对建筑业每亿元总产出直接劳动力数为2590人，间接就业效应则要更大，就业总效应为12.12万人/亿元，远高于建材、冶金和机械等基础产业。
        7、北方地区发展灌溉面积的边际成本较低，其益本比较高；南方的水电边际成本很低，其益本比很高，接近于4。水土保持益本比较高的是长江、东南诸河、珠江流域的上游地区。防洪建设益本最高的是长江、淮河、东南诸河等流域的下游地区。农业节水的边际成本目前比较低，但随着节水力度的加大其边际成本呈上升趋势。
        8、1999年我国通过农产品贸易进出口的虚拟水量达到了470亿m3，其中进口280亿m3，出口190亿m3，净进口90亿m3。在农产品贸易中，粮食虚拟水净进口量83亿m3，占净进口虚拟水量的93％，国际农产品贸易有利于供水安全的保障。根据预测，到2030年，我国国际农产品贸易虚拟水贸易量约在260～500亿m3。
        9、据分析，2010年国民经济总需水为6202亿m3，缺水258亿m3；2020年总需水量为6445亿m3，缺水194亿m3。节水和供水总投资的80%在北方地区，相当于从南方向北方调入520亿m3虚拟水量减少的粮食短缺风险。
        为实现水利与国民经济的协调发展，课题组提出了五个方面的建议：
        1、树立科学发展观，实现水利建设与国民经济的协调发展。未来经济的发展，要求水利的基础保障作用更高，加大治水投资力度，最大程度减少对水资源的自然恢复规律的破坏，实现水资源可持续利用。
        2、着力建设水利与国民经济协调发展的五大保障体系
一是水利投资保障体系建设，建立长效水利投资机制。二是推进节水防污型社会体系建设，建立市场经济体制条件下的水资源供需调节机制，逐步建立我国水权和水市场，推进利用市场优化配置水资源。三是加强防灾减灾体系建设，按照人与自然和谐相处的理念，强化洪水管理，在防洪工程体系的基础上建成全面的防洪减灾体系。四是以饮用水安全为中心的供水保障体系建设；五是水土保持生态安全体系建设，重视和依靠生态自我修复能力；加强水功能区管理，建立健全江河流域各水功能区的环境容量进行使用权的初始分配和排污许可制度。
        3、不断调整区域产业结构，建立合理的清洁节水型生产模式。在投资结构、投资方向、投资布局上，统筹兼顾，全面规划。
        4、充分运用法律、经济、行政、技术等手段，实施生态水利战略。加强科学规划，借鉴和吸收国外的先进技术、先进理念和先进管理经验，不断提高中国生态建设的科技水平。
        5、建立适应社会主义市场经济体制的水资源管理新体制，强化科学管水，提高水利行业的社会管理和公共服务水平。