水文所党支部阶段，党员人数从1956年的10名发展到1969年的19名，占职工人数比例稳定在20%左右。到1980年水资源所党支部成立之初，党员人数为9名，占职工人数的35%。随着水资源所职工队伍的扩大和发展党员工作的持续推进，党员人数逐渐增加，1980年至2024年底，共发展新党员20人。到2024年底，共有83名党员，占职工人数的76%。

1956—2021年研究所党员人数变化趋势

注：2003年、2004年党员人数含“西部之光”访问学者党员

研究所党组织民主选举党员代表参加中共中国水科院党员代表大会，在院党委、院纪委选举中，先后有陈家琦、王守鹤、王浩、于福亮、王建华、严登华等当选党委委员、纪委委员。1959年3月，院第一届党委会成立，陈家琦当选常务委员会委员，1988年4月，中共水利水电科学研究院临时委员会成立，王守鹤当选委员。同年9月，全院党员大会选举产生中共中国水科院第六届委员会和第三届纪律检查委员会，王守鹤当选党委委员。2005年12月，选举产生中共中国水科院第九届委员会和第六届纪律检查委员会，王浩当选党委委员、于福亮当选纪委委员，并于2012年5月，分别连任中共中国水科院第十届委员会委员和第十届纪律检查委员会委员。2017年9月，选举产生中共中国水科院第十一届委员会和第十一届纪律检查委员会，王建华当选党委委员、于福亮当选纪委委员。2022年8月，选举产生中共中国水科院第十二届委员会，严登华当选党委委员。