水资源研究所办公室是负责所日常管理工作的综合性行政部门。办公室目前共有6名工作人员，主要为科研一线服务，提供良好的后勤支持；发挥参谋助手作用，成为所领导与各研究室和职工之间的纽带；连接所与院各科研所、职能部门之间的桥梁；是水资源所对外的窗口。

主要职责有：

·  负责监督检查所规章制度的实施；

·  负责所内ISO9001质量管理体系运行监督管理；

·  负责所资料、图书、年鉴的立卷、归档及维护，负责借阅工作及所内外技术信息资料的交流；

·  负责汇总或起草与业务有关的计划、文件、来往函件、报表等工作；

·  承办科研及其它技术合同的签定、落实，负责接待来访、协作人员的业务联系与工作联系；

·  协助组织所内的学术活动及业务学习培训；

·  负责年度的科研成果报奖、归档；

·  发布所简报，通过全所项目的进展情况；

·  协助所学术委员会（所职称评定委员会）组织成果鉴定、报奖、职称评定、所内学术交流等有关事宜；

·  协助院有关职能部门做好后勤工作；

    为了将水资源所建设成为国家一流水平的研究机构，使之成为国家宏观决策服务的高层次水资源研究中心，以及具有国际水准的水资源领域咨询机构。所办公室长期以来开展各项工作的宗旨是：

  自我完善，做好服务；礼貌热情，以诚相待；认真细致，注重效率；求实创新，不断提高。